春天，在新生决定社团的时候，田井中律硬拉着青梅竹马的秋山澪参观轻音部让其入部，在得知前辈们毕业后由于人数不足将面临闭部结局，秋山澪与琴吹紬成为了轻音部成员，但离4人指标还差1位名额。这时，一名弄错了部名的少女平泽唯误打误撞之下填补了最后一位空位，但这位少女却是一个连乐谱也看不懂的新人，学习成绩又差。而就是这样的4名少女，却展开了奏响青春的音乐之旅。
第二次新吉翁战争结束12年后U.C.105年，由于地球联邦政府的腐败和地球环境污染的加速，在强迫平民前往宇宙的同时，也开始实施不人道的政策“人类狩猎”在这种形势下，反地球联邦政府运动组织“马夫蒂”，在组织首领：马夫蒂·纳比尤·艾林”他的真实身份是联邦军中久负盛名的一年战争的英雄，联邦上校布莱德·诺亚之子哈萨维·诺亚）的指导下，发动了一系列的恐怖活动，如暗杀反地球 美国联邦官员。继承了阿姆罗·雷和夏亚·阿兹纳布尔的思想，一个不断为自己内心的意志和道路而奋斗的士兵，却和联盟上校凯奈斯·斯雷克和谜之少女琪琪·安达露西亚相遇，这也是一次改变他们命运的相遇。
