国中二年级学生天野雪辉习惯远离所有人，以一个旁观者的角度把亲眼所见的事记录在自己的手机中。一天，时空之神宙斯把未来日记植入他的手机中，这日记记录的是他未来90天发生的事，包括考试内容、遇到的危险等。但这个“日记”一旦被破坏，持有者的未来将会同时消失，也就是持有者会立刻消失。宙斯已选定十二位未来日记持有者，而最后生存的人将会成为宙斯的继承者，掌握支配时空的“神之座”。他跟同样拥有未来日记的其余11人，展开你死我活斗争的杀人游戏。
春天到了，已经进入高中三年级的北川优子还在想着做蛋糕。
春晚放学回家的路上，玉子的四位朋友一行人畅谈着未来。 众人虽然对此有些不安，但似乎对未来也有深思熟虑。 玉子还无意中说，她以后要继承家业。
与此同时，住在玉子家对面，一直陪在她身边的莫伊佐，也下定了决心。
周围的各种事情都在逐渐发生变化，一点一点地震动着玉子的心。
全世界被产业革命的波澜推动，自近世变迁至近代之时，不死的怪物突然出现。被钢铁的皮膜包覆，只要心脏不被破坏就不会消灭，被它啃咬的人似乎也会在死过一次之后复生，并开始袭击人类。之后被称为卡巴内的这些怪物爆发性地增殖，并覆盖了全世界。 远东岛国日本的人们，为了对抗卡巴内的威胁而在各地建造名为“驿”的城寨，并困守在其中，想方设法残存下去。能够在驿之间来往的只有装甲蒸汽机车（通称骏城），驿之间通过各自生产物的融通，总算是保证了生活。 住在以炼铁和蒸汽机的生产为业的显金驿的蒸汽锻冶少年，生驹。他为了打倒卡巴内，开发出独自的武器“贯筒”，同时期盼着有朝一日能够发挥出自己的力量。 某天，穿越前线的骏城之一甲铁城来到了显金驿。为了车辆的清扫整备而被召唤的生驹，目击到了从义务性的卡巴内检阅中被免除的不可思议少女。 当晚，生驹与自称为无名的那位白天的少女再会，此时骏城突然暴走并突入了显金驿。乘务员全灭，而且全部变成了卡巴内！ 卡巴内从显金驿中溢出。如同要从被恐慌袭击的人浪中逆行一般，生驹奔跑着。这一次不能逃避，我要，我要用贯筒打倒卡巴内！ ——于是，为了成为真正能闪耀光辉的男人，生驹的战斗开始了。
时间是西元2040年。罹患罕见疾病的青年·怜人，在与青梅竹马绘理沙相约再会之后接受了冷冻睡眠治疗。过了5年后，怜人醒来之后等待他的却是全世界99.9%的男性皆感染病毒而死，现存50亿人口大多为女性的世界。近未来情色悬疑物语就此开幕。
