国中二年级学生天野雪辉习惯远离所有人,以一个旁观者的角度把亲眼所见的事记录在自己的手机中。一天,时空之神宙斯把未来日记植入他的手机中,这日记记录的是他未来90天发生的事,包括考试内容、遇到的危险等。但这个“日记”一旦被破坏,持有者的未来将会同时消失,也就是持有者会立刻消失。宙斯已选定十二位未来日记持有者,而最后生存的人将会成为宙斯的继承者,掌握支配时空的“神之座”。他跟同样拥有未来日记的其余11人,展开你死我活斗争的杀人游戏。
咖啡馆·黑猫亭。那是在皇都五区的角落里,孤零零的一家咖啡店。在那里工作的是集结了技术精华的自律式机械人偶少女们。几年前刚刚结束的大战争。在那里作为武器制作的她们。不久迎来了战后的和平。和新品一样被修复,穿着闪闪发光的和服寻找新的任务,高声歌唱。你也和她们一起度过美好的时光吧!