在埃及与宿敌DIO的死斗之后过了11年。1999年，空条承太郎为了与祖父乔瑟夫·乔斯达的私生子东方仗助见面，而来到了日本M县S市杜王町。但，仗助却持有与承太郎相同的特殊能力“替身”。之后，以承太郎的来访为开端，仿佛被吸引一般，新的“替身使”们开始行动。“这座城镇存在着什么……”为了守护养育了自己的杜王町，仗助挺身而出——。
一边在自家的餐馆“幸平”帮忙，一边磨炼料理水平的幸平创真，进入了超级精英料理学校“远月茶寮料理学园”。创真在学园内外与各种各样的料理人相遇并不断成长，但随着薙切蓟就任远月学园的新领袖，状况发生了转变。在新创设的中枢美食机关影响下，无法再自由地制作料理……创真等人反对中枢美食机关的做法，结果却被视作学园的背叛者。 ——之后，他们迎来了二年级升级考试。即使遭人白眼，众人仍然齐心协力突破考试，但中枢美食机关的妨碍并未停止。同伴们终于遭到退学处分的打击！被逼入绝境的创真等人为了打破这一状况，决定与蓟政权下的新远月十杰展开连队食戟。初战取得了压倒性胜利，但决定他们命运的激战才刚刚开始。终于迎来2nd BOUT！究竟创真等人能否夺取十杰之座，拯救同伴呢？
