那个蓝发的，优秀的少女朝比奈凉风（三桥加奈子 配音）一直都萦绕在秋月大和（中村太亮 配音）的记忆中挥之不去。为了接近凉风，从来没有经受过训练的大和加入了学校的田径社。然而，入社后，大和展现出的优秀素质让众人都眼前一亮，唯有凉风对此不置一词。在凉风眼里，这一切都是大和为了吸引自己的目光而玩弄的花招而已。 对于爱情，凉风曾经有过一段凄惨的回忆，这让她在对待大和的追求时，一直持有着冷漠的态度。但是，随着时间的推移，当大和一次次的打破自己的短跑记录时，凉风渐渐发现，这个曾经莽撞轻狂的男孩，如今已经成长成为了值得信赖的少年。
故事以一連串女高中生離奇死亡的事件開始，深陽學園2年C組的女學生宮下藤花原來隱藏著「Boogiepop Phantom」的第二重人格，行為奇異，究竟宮下是否這些死亡事件的主谋？ 「Boogiepop Phantom」到底是都市中傳說的死神，還是正義的使者？
