“想洗清嫌疑，方法有很多，语言辩解只是其中的一种，但也是最无力的一种。实力也是一种辩解的方法！”紫川秀，这位在魔族大营内孤身击杀紫川家叛徒的将领，在远东地区神秘圣庙守护长老的支持下，成为了远东地区数...
人类史上最初的太空人居然是——一名吸血鬼少女。世界大战终战后，二分世界的超大国——东方的基尼特拉共和国联邦与西方的阿纳克联合王国。两国对领土的野心，都瞄向了宇宙。在炽烈的开发竞争之下，现在——东历1960年。共和国联邦最高领导人格吉耶夫发令了有人宇宙飞行计划“梦计划”。只要计划成功，这会便是人类史上首次达成的壮举。同一时期，太空人培训生候补列夫·雷普斯接到了一份机密任务。“诺斯菲拉特计划”——在有人飞行之前，作为实验先让吸血鬼代人类试飞的计划。列夫的任务是24小时监视以及训练吸血鬼实验体、伊琳娜·卢米涅斯克。列夫与伊琳娜、人类与吸血鬼、监视人与被实验体——即使被种族之壁与国家的自我中心所摆布，共有着对宇宙的纯粹念想的两人，一同以宇宙为目标前进着。
总人口230万人，扩展至东京西部的巨大城市。在这座因学生占其人口约八成，而被称为「学园都市」的城市中，扭曲世界法则引发超常现象的力量——超能力的开发正在进行。 接受特殊课程〈Curriculum〉，获得了能力的学生们，通过定期的『身体检查〈System Scan〉』，得到从『无能力者〈Level0〉』到『超能力者〈Level5〉』的6个阶段的评价。 站在其顶点的，是被誉为最强的7人的『超能力者』。 其中的一人，御坂美琴。 作为自由操纵电气的最高位的能力者『电击使〈Electro Master〉』，有着『超电磁炮〈Railgun〉』的别名的她，是名门大小姐学校·常盘台中学的14岁女高中生。后辈『风纪委员〈Judgement〉』白井黒子，憧憬着大小姐的同学初春饰利，以及喜欢都市传说的朋友佐天泪子。 在与这些伙伴们一起度过和平、普通、又稍稍有些变化的学园都市日常生活时，一年一度的大事件正在迫近。 『大霸星祭』。在7天的举办时间中，能力者们以学校为单位展开激战的巨大体育祭。在这期间，学园都市的一部分向公众开放，面对向全世界转播的热闹活动，每个人都很激动。而谁都没有注意到，有什么在这华丽的舞台背后蠢蠢欲动——。
高中生齐木楠雄是超能力者。心灵感应、念动力、透视、预知、瞬间移动、千里眼等，不论任何事情都自由自在。但这任谁都羡慕不已的最强能力，实际上对于本人而言是引来灾难的不幸元凶。因此，他在别人面前封印了超能力，以不起眼、不和他人有所牵扯为信条，默默无闻地过日子。但不知为何，他的身边总是聚集着不可思议的人类（生物），风暴般的灾难接连不断地降临！
