季节经过，马上到了第二年的春天——。劣等生哥哥和优等生妹妹。两人在魔法科高中生活的第一学年即将结束。 达也和深雪等人利用春假期间，前往小笠原诸岛的某所别墅度假。 在短暂的休息当中伸展羽翼的达也等人。但，在这样的达也等人面前，一位名叫“九亚”的少女现身了。 从海军基地脱逃的这位少女，向达也传达了一个请求——。
カントー帰還！待望の新章がスタート！！ イッシュ地方からカントー地方へ戻るサトシたちが、デコロラ諸島で大冒険！ スピアーに追いかけられて、巨大クイタランに追いかけられて… えぇっ！？ミジュマルとお別れ！？ さらに！みんなオーベムになっちゃった！？さらにさらに！幻のポケモンにも遭遇！？ まさか！？アイリスとサトシが絶交！？それをニヤリと見つめるロケット団…！ 笑い！涙！お宝あり！？様々な島を巡る船旅に、いざ出発！！
