は夏休みが待ち遠しい無邪気な小学生。 は控えめだけど頑張り屋さんの中学生。 むかしは仲良し姉妹だったふたりも、最近、心の距離がなんだか遠くて……。 ある日、風は不思議な宇宙船に出会い、魔法の力を授かる。 そして一方で流もまた、素敵な魔法の力を手にしていた。 あこがれていた大人の姿に変身する風と流。 ただし、ルールがふたつ。 「期限は1年間」、「魔法のことを誰にも 知られてはいけない」。 やがてふたりはお互いの秘密を知らぬまま、 それぞれアイドルとして活躍することに――！
イッシュリーグ終幕後、サトシ一行はカノコタウンに戻ってリーグ戦の結果をアララギ博士に報告。オーキド博士への連絡も済ませたサトシがカントー地方への帰還を考えていたところ、アララギ博士から「白の遺跡」の話を聞くことに。その遺跡はアララギ博士の父が発見した場所で、イッシュ地方に伝わる伝説のポケモン・レシラムと関係があるという。その白の遺跡に興味を引かれたサトシは、再びアイリス、デントと共に旅立つことに。 白の遺跡を目指して船に乗ったサトシ一行は、船内でポケモンの声が分かるという不思議な青年・Nと知り合う。一方、イッシュ地方では謎の組織・プラズマ団が活動を始めていた。
