一所位于东京都千代田区的传统高校“音乃木坂学院”，因为入读的学生人数骤减，所以正面临着废校的危机。其中有三名少女想到一条妙计——成为偶像，只要她们成为偶像，学校的名气便会增加，而入读学生的人数亦会上升。就这样，九位个性鲜明的少女决定一起努力成为偶像，希望可以凭借偶像的名气增加生源来挽救自己所喜爱的校园。
在世界局势相对稳定的20世纪，各主要国家都想加强军事力量，称霸世界。而耳语者【whisperd】，一个特殊的人类，从出生起就有特殊的能力，不用学习就能知道超越当时科技几十年的被称为黑科技的高科技手段。为了保护世界格局的稳定，神秘组织秘银[ Myslil]派出上士项梁等三人保护一个已知的耳语者[Whisper]，即千鸟香奈。其中上士向亮假扮转校生随时跟随保护。因为长期在部队生活，没有普通高中生常识的上士向亮在学校闹出不少笑话。上学期间发生了很多恐怖的事情，比如苏联制造的劫持金奈事件。宗和千鸟也因为各种事件产生了特殊的感情。
