舞台位于千叶县石矛市的石矛工业大学及其周边。此外，千叶县普安市的石矛(ねこざね)确实有“石矛”这个地名。
故事(连载)从一开始，做猫的大学生森里萤一给‘我的女神办公室’打错了电话(虽然颖怡以为自己打错了电话，但事实并非如此，是世界树功能运作拯救颖怡的必然)。
当萤发现她拨错了号码时，她慌了。先是电话里传出“我马上就来”，然后镜子里出现了一个叫贝儿丹迪的著名女神。巴德丹迪问萤想要什么，萤说:“希望有你这样的女神能一直陪在我身边。”这个愿望是上天赐予的。此后，萤与贝儿丹迪生活在一起。
在世界顶尖侦探学校·青蓝被誉为天才的鸭乃桥论，因患上某个致命“缺陷”，被剥夺了成为侦探的资格。在度过一段怀才不遇的岁月后，与警视厅搜查一课的一色都都丸——外号“都都”的相遇，极大改变了他的命运。论负责解谜，都都负责侦查，他们接连侦破疑难案件，逐渐成为了名搭档。青蓝内部也有论的理解者在两眼发光地关注着他的动向。其中一人就是校长艾梅利希。她告诉论，导致他被开除的“染血实习案”是一个圈套。其幕后主使，是制造了众多悬案的“史上最凶恶的犯罪一族”——M家，家主名叫麦罗·莫里亚蒂。为了给予论更大的绝望，麦罗将妹妹·温特派往了日本。论与麦罗之间究竟有何恩怨？
