在德川幕府末期的动荡时期，有一个被人称为“人类斩刀”的士师。 随着新时代的到来，这个人从人民面前消失了，成为了一个被称为“最强者”的传奇人物。时光荏苒——明治11年的东京市中心。 将倒剑放到腰间并发誓不朽的旅行剑客日村剑心遇到了神谷胜心流的大师神谷薰。 剑心在解决了欺骗胜心流的辻砍“冢斋人”的案件后来到薰身边。 他遇到了来自东京都石狮部落的明神弥彦和自称是格斗家的相乐赛之助等朋友，并面对由于他过去的关系而将战斗的克星。 新时代辛勤生活的人们的明治剑客串浪漫在这里开启！
失去亲人的痛苦让九路敬一郎（柿原彻也 配音）丧失了生活的热情，热爱音乐的他已经很久没有碰过那把曾经珍爱的吉他了。一天，敬一郎在垃圾堆里看到了一个少女模样的机器人，她的名字叫小花（浅野真澄 配音）。因为型号过去老旧，小花被曾经的主人残忍的抛弃了。在这个夏天，这个雨季，小花和敬一郎相遇了，一段传奇般的缘分开始运转。 为了使消沉的敬一郎振作起来，个性有些迷糊的小花学习起了唱歌，可是，越来越频繁的机能中断使小花一次又一次的失去了意识。在弥留之际，敬一郎带小花来到了她梦寐以求的海边，望着蔚蓝的大海和身边的朋友，小花的口中，竟然哼唱起了敬一郎所谱写的乐曲。小花离开了，但取而代之的是一枚用她的核心所制成的八音盒，小花的歌声，将永远陪伴在敬一郎的左右。
